朱允炆的童年到登皇继位一个热爱生命、温和良善的十六岁少年，沉醉于自己的世界，祖父的残暴、父亲的早逝、外在环境的险恶并无伤他的善性。皇孙继皇位建文继位后，顿成权力斗争的焦点，虽然他几度想放弃王位，却无法违背天意，而方孝儒的出现恰使他认清皇帝能造福于民，于是决定实行新政。杀机四伏燕王朱棣图谋篡位，烽火四起，生灵涂炭，仁慈的皇帝重情重亲，以致错失铲奸良机。血染宫帏，逊位逃亡燕王攻破京城，建文为解除官兵及百姓的苦难而自愿逊位，不料皇叔未守诺言，大开杀戒，建文见方孝儒惨死，悲愤交集，本欲自焚，幸被忠臣救出，穿上太祖

皇帝不顾群臣的劝谏，亲率南方水师游弋于大洋之上，只为寻得传说中的佛岛求长生；进入南洋之后，突然妖风四起，水师遭逢大难，水师郑提督请旨镇退风暴，却发觉风暴之后另有隐情；而此时顽皮太子建文偷玉玺时撞见皇帝突然驾崩，自己反被诬陷为刺客，他该如何面对这个意外之局？

靖难之役之后，燕王朱棣篡权夺位成功，建文帝生死未卜，而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出，并几经辗转朱文奎被文昌寺收留。十年之后，朱文奎在文昌早寺已长成英俊少年，并练成了一身硬功夫，从小聪慧的他更熟读经卷，通晓佛法，深得曾任少林寺住持的大师器重。杨重一直在计划为建文夺回帝位，假意归顺燕王，暗中招兵买马，召集建文帝旧部起事。然后打算把朱文奎从文昌寺带回京城，却被燕王获悉，并下令东石剿杀他们。一路上杨武等人受到一批又一批的东石高手追杀，最后不得不把小皇子送上大佛填充暂避追杀。东厂倾巢而出把大佛寺重重包围，杨武和大

该剧讲述了燕王朱棣称兵靖难，攻入南京，建文帝仓皇出走，其手下带走一批宫中珍宝，以图复位的故事。