本片由《驯兔记》《鬼打墙》《鸡汤泡面》《官能许愿》四个独立的城市怪谈故事单元组成。郑渊洁笔下《驯兔记》反映了当下社会家长与学校对孩子的教育问题，引人深思；由曹云金主演的《鬼打墙》讲述了渣男酒店约美女惨遭“鬼打墙”；《鸡汤泡面》：都市白领当众被悔婚是怎样一种体验？《官能许愿》：如果器官可以用来许愿，你可以为爱情牺牲多少？

以皮皮鲁和鲁西西兄妹俩为主角，讲述调皮的皮皮鲁意外闯入童话空间并拨乱了“地球之钟”，导致地球人都睡着了。他和妹妹鲁西西想要修好地球之钟，却遇到了想趁此机会霸占魔方市的奇奇大王，地球之钟在争抢中碎成六块零件掉落，同时童话宇宙和现实宇宙也部分融合到了一起。为寻找到零件，将世界恢复正常，兄妹两人在“三眼国”、“零食王国”、“眼泪湖”等地开启了一段又一段奇趣的冒险，在与奇奇市长对抗的同时也学会了团结与包容的真谛，收获了成长。

皮皮鲁兄妹在自家衣柜发现309暗室，打开后遇到了科学家“觅工”并得到“致聪盔”。皮皮鲁将“致聪盔”戴到了宠物“大傻”的头上后，城市陷入瘫痪。皮皮鲁和家人齐心协力战胜“大傻”，魔方市恢复了原来模样。